学院现拥有“计算机应用技术”、“交通信息工程及控制”、“信息处理与智能控制”3个工学硕士培养学科和“计算机技术”、“软件工程”、“电子与通信工程”3个工程硕士培养领域。

“计算机应用技术”硕士点是一个二级学科工学硕士学位研究生培养点，学科代码081203，于2000年获准设立。研究生培养与硕士点学科建设工作主要依托信息工程学院计算机系和软件系。现有“计算机网络与信息安全”、“嵌入式系统”、“人工智能与模式识别”和“软件工程”4个研究方向。

“交通信息工程及控制”硕士点是交通运输工程一级学科（0823）下的二级学科，该学科设置在信息工程学院，于2012年正式招生，主要面向电子信息工程，通信工程，电子科学与技术，物联网工程，交通工程，计算机科学与技术，自动化，电气工程等本科专业招生，本学科下现有“交通控制与智能化系统”和“交通信息处理技术及应用”2个研究方向。

“信息处理与智能控制”硕士点是内蒙古工业大学在控制科学与工程一级学科下自主设置的二级交叉学科点，学科代码0811Z1，2014年开始独立招收学术型硕士研究生，具备从事控制工程领域内各种信息处理与智能控制技术研究，信息处理与智能控制系统设计开发等方面工作的专门人才，现有“信号检测与处理”、“信息感知与控制”2个研究方向。

“计算机技术”硕士点，专业代码085211，于2004年获准设立。学位点目前设有“云计算与大数据分析”、“人工智能与模式识别”、“嵌入式技术”、“计算机网络技术”4个主要培养方向。针对非全日制的生源行业来源和需求，增设有“信息管理系统”培养方向。

“软件工程”硕士点，专业代码085212，于2014年获准设立。设有“软件工程与项目管理”、“嵌入式软件与移动计算”、“云计算与大数据挖掘” 3个培养方向。构建了自治区先进的云计算与大数据科研平台、软件测试平台等，积极开展产学研结合，建设校企合作研究生培养基地近十个。

“电子与通信工程”硕士点，专业代码085208，于2014年获准设立。设有“现代通信系统及应用”、“信号与信息处理”、“应用电子技术”、“半导体光电器件设计与应用”4个培养方向。本学位授权点以通信与电子信息技术的社会需求为导向，以实际的通信与电子信息工程为背景，以工程技术为主线，通过整合课程体系和加强校企联合培养。